依據教綱教院組織規程，除了各級教院，並設立獨立輔翌組織：

[社團法人中華民國宗教哲學研究社]

　　民國六十七年一月十五日奉准成立於台北。是年夏間，開始舉辦每月宗教學術講座。出版宗教哲學月刊，宗教大同徵文比賽，頒發宗教大同獎，其目的是舉辦學術研討會，促成海峽兩岸宗教學術思想交流，促進宗教大同，而開啟世界永久和平之門。

[社團法人中華民國紅心字會]

　　民國七十七年九月二十八日教師節，中華民國紅心字會在台北復會，以舉辦社會福利救濟事業，發揚廿字精神為宗旨。已連續多年獲內政部頒發績優社團獎，曾得到宗教社服績優團體第一名。民國七十七年曾代表　天帝教至大陸雲南省賑災。目前主要工作：受刑人家屬服務、設置受刑人子女獎助學金、協助犯罪者回歸家庭、老人居家服務。

[社團法人中華民國天帝教總會]

　　民國八十年成立。以結合信仰或贊同　天帝宇宙大道之社會大眾，化除宗教門戶之見，發揚　天帝教「不為自己設想，不求個人福報」之精神，邁向重建社會秩序，重整民族道德，以達宗教大同、世界大同、天人大同之終極目標為宗旨。主要工作是「宗教會通」。定期舉辦「宗教聯誼會」。

[財團法人極忠文教基金會]

　　民國八十一年一月十九日成立，宗旨在發揚天帝教精神，傳佈宇宙大道，一方面發揚中華學術文化，針對「三民主義統一中國」目標，多做學術交流活動使兩岸能在學術、文化上多增加接觸，發生影響力，為國家、民族多做一些有積極意義的事。指示會務方向：推動海峽兩岸文藝學術交流，邀請大陸學者、校長、一級演員、藝術家及台灣藝文界學這專家互訪、座談。每年舉辦海峽兩岸宗教學術座談。頒發學生獎助學金。

[中華民國宗教與和平協進會]

　　民國八十三年與天主教、佛教聯合發起成立中華民國宗教與和平協進會，這是一個跨國際、世界性的組織，每年舉辦宗教與和平生活營，分享宗教經驗，促成宗教的交流、欣賞與合作。